فیلم مارمولک، رضا مثقالی معروف به رضا مارمولک دزد سابقهداری است که بارها دستگیر و زندانی شده اما در آخرین دستگیری، اتهام او سرقت مسلحانه است. رضا را به زندانی تحویل میدهند که رئیس آن مردی بسیار سختگیر و انعطافناپذیر است. رضا در حادثهای مجروح میشود و به بیمارستان خارج از زندان منتقل میشود. در آنجا لباس یک روحانی بیمار را میرباید و در لباس روحانیت موفق به فرار از بیمارستان میشود. او با مصونیتی که در لباس تازه پیدا کرده به یک شهرک مرزی میرود تا از این طریق و با گذرنامه جعلی از کشور خارج شود؛ اما با روحانی ای که قرار بوده به عنوان امام جماعت به آن روستا اعزام شود اشتباه گرفته میشود و…